Toàn bộ câu chuyện xoay quanh việc kể về nhóm học sinh trường Thánh Fransisco II, hội học sinh này gồm nhiều thành viên ưu tú, xuất sắc trong các lĩnh vực như khoa học kỹ thuật, lịch sử, Thánh nhạc, kiếm đạo... Ở hiện tại năm 1995 công lịch, nhóm học sinh này cùng đi trên một con tàu tên là Victoria trong một chuyến dã ngoại thì bỗng chừng bị gặp bão Cơn bão này làm họ bị lạc về năm 1636, bị đưa ngược trở lại thời gian tới thời đại Edo nhật Bản và là năm cuộc chiến Amakusa xảy ra.

Tại đây cô gái Hayumi (nhân vật chính) bị lầm tưởng là Shiro Amakusa. Theo như lịch sử, vào năm 1637, một cuộc nổi dậy đã nổ ra, cuộc biến động Shimabara. Nó được lãnh đạo bởi một người trẻ tuổi là Amakusa Shirō. Nhân vật nữ bị nhận nhầm là Amakusa Shirō bởi ngôi làng mà cô gặp, mặc dù Amakusa Shirō là nam. Trong câu truyện, Amakusa Shirō thật đã chết một năm trước đó, trước khi được nổi tiếng như trong lịch sử. Do vậy, Natsuki đã trở nên nổi tiếng và được coi như là một thiên thần từ thượng giới và người ta bắt đầu gọi cô là Shirō, tin rằng cô là người theo như lời tiên tri 25 năm trước. Ngược dòng thời gian 25 năm trước, Giám mục Bandores Marcos đã từng tiên đoán Vào giờ này 25 năm sau sẽ có một thiếu niên tuấn tú,học vấn uyên thâm xuất hiện.Khắp các cánh đồng,rừng núi rợp màu cờ trắng.Vườn ruộng,cỏ cây hoa lá đều bốc cháy...cánh cửa địa ngục hiện ra,chỉ những tín giả tin vào thiên sứ được sống sót... Lúc đó vào 1636, bầu trời Edo và Amakusa không ít lần nhuốm màu đỏ rực.

Hayumi lần lượt gặp lại những người bạn cũ của mình-những người bạn chung trường với cô và đều bị cuốn về thời quá khứ bởi con thuyền định mệnh. Trong số ấy, có bạn trai của cô là Miyamoto Masaki nhưng này còn gọi dưới cái tên Miyamoto Musashi, một kiếm sĩ nổi tiếng của thời Edo-anh đã bị mất trí nhớ và được một gia đình giàu có cưu mang, con gái họ chính là nàng Otsu rất yêu Miyamoto. Trong khi đó Hayumi, cô rất nản lòng vì người mình yêu đã không còn nhớ mình là ai.

Và ngay lúc ấy cô đã gặp và bị Yatsuka bắt giữ,nhưng với tấm lòng nhân ái của cô,cô đã cảm hóa được Yatsuka, đây là người hoàn toàn đã mất đi lý tưởng sống của chính mình. Từ đó nhóm bạn của Hayumi gồm có:Hayumi, Masaki,Yatsuka, Eri, Seika và Eiji đã lập nên những cuộc khởi nghĩa dưới sự chỉ huy của Hayumi tức Amakusa Shiro,những cuộc khởi nghĩa đã giành được thắng lợi làm xoay chuyển lịch sử.